掌控日本國家未來的御前會議上，眾要員商議著以獵殺SPEC持有者為目標(biāo)的“SIMPLE PLAN”，神秘的法蒂瑪?shù)谌A(yù)言亦被提及。數(shù)天后，暗中執(zhí)行獵殺計劃的政府成員突然于游艇上全員木乃伊化死亡。案件交由未詳系的當(dāng)麻紗綾（戶田惠梨香 飾）和瀨文焚流（加瀨亮 飾）負(fù)責(zé)。調(diào)查途中兩人接到志村美玲（福田沙紀(jì) 飾）的求救電話，趕赴救援時與瀨文的前同僚兼前戀人青池里子（栗山千明 飾）不期而遇。當(dāng)麻將美玲帶回未詳系，原本已經(jīng)死去的陽太/一十一（神木隆之介 飾）竟從容現(xiàn)身于她們面前。竭力壓制著蠢蠢欲動的左手，當(dāng)麻無力的目睹美玲匆忙留下“一定要阻止法蒂瑪?shù)谌A(yù)言”的信息后被陽太帶走。
　　在陽太的惡意煽動下，普通人類與SPEC持有者間的矛盾日益激化。身處兩者夾縫之中，當(dāng)麻對法蒂瑪?shù)谌A(yù)言和人類未來的走向充滿了迷惑。瑪利亞、白衣教皇、左手持火之劍的天使……預(yù)言中的關(guān)鍵人物們?nèi)綦[若現(xiàn)，黑暗降臨的未來是否終將無法避免？