“反轉世界”是存在于這個世界內部的鏡子般不可思議的世界。那個美麗而規(guī)則的世界，是騎拉帝納棲居的特殊空間。然而帝牙盧卡和帕路奇犽的戰(zhàn)斗造成了時空的扭曲，“反轉世界”也因此完全被陰霾籠罩。由于自己的世界被污染而被激怒的騎拉帝納找到了帝牙盧卡，并想將其拖入反轉世界中。 “現(xiàn)實世界”，在繼續(xù)旅行的小智和皮卡丘一行的面前出現(xiàn)了一個小小的，幾乎看不見的精靈。那是有“花媚”之稱的感謝神奇寶貝潔咪。被卷入帝牙盧卡和騎拉帝納的戰(zhàn)斗的潔咪在千鈞一發(fā)之際從反轉世界逃出。小智一行帶著精疲力竭的潔咪前往神奇寶貝中心。 潔咪用心電感應將小智一行帶到了它的“葛拉西蒂亞花(グラシデア)花田”，并告訴他們在這“葛拉西蒂亞花”中隱藏著巨大的秘密。正準備離開神奇寶貝中心的小智等人遇到了前來捕捉潔咪的火箭隊。而與此同時，神奇寶貝中心外的裝飾品的鏡面上出現(xiàn)了“次元旋渦”，將火箭隊、潔咪連同小智一行人一起全部帶往了反轉世界。 從次元旋渦中脫出的小智一行人環(huán)顧四周，這里是倒立著一排排建筑物，空中處處漂浮著烏云的，廣大而不可思議的反轉世界。 就在這時，騎拉帝納突然出現(xiàn)，向潔咪發(fā)動攻擊。小智等人正要與騎拉帝納對抗，卻傳來制止之聲。說話者是名叫穆玄·葛雷斯藍多的學者，他告訴小智等人不可以讓騎拉帝納生氣。 正在小智一行在穆玄·葛雷斯藍多的幫助下向現(xiàn)實世界回返之時，企圖利用騎拉帝納的力量支配世界的，駕駛著高科技母艦“百萬力霸”的謎之青年，杰洛出現(xiàn)了。和潔咪一起繼續(xù)著探索花園之旅的小智一行沒能逃過杰洛的追蹤。 前所未有的冒險之旅的高潮，等待著你的是超越想像的“美麗奇跡”!