在太一一行人告別數碼世界后，數碼世界并沒有就此關閉朝向人類的大門，而數碼世界的內部卻沒有太平多少時日，就又開始了紛爭。
數碼世界急需一批被選中的孩子來維護數碼世界和人類世界的和平。太一、阿和、素娜等人都已先后成為了初中生，沒有太多精力和時間能夠和數碼寶貝們一起并肩作戰(zhàn)，只有阿武和小光成為了新一代的領頭人。被選中的孩子有本宮大輔（木內玲子 配音）、井之上京（夏樹莉緒 配音）、火田伊織（夏樹惠 配音）等人，和他們一同戰(zhàn)斗的除了亞古獸、加布獸等，還有新的數碼寶貝參與。于是，在第一代數碼人的帶領下，新的數碼寶貝和守護者們開始了同邪惡勢力的作戰(zhàn)……
雪野五月 三石琴乃 立木文彥 楢橋美紀 興梠里美 真柴摩利 林玉緒 一龍齋貞友 佐藤智惠 藤原啟治 矢島晶子 青森伸 巖永哲哉 真山亞子 玄田哲章 納谷六朗 大瀧進矢 臼井儀人 富澤美智惠 鄉(xiāng)里大輔 高田由美 中島聰彥 鹽澤兼人 山本圭子 佐藤佑子 島津冴子 山本百合子 筈見純
野澤雅子 古川登志夫 田中真弓 鶴廣美 宮內幸平 莊真由美 龍?zhí)镏睒?nbsp;內海賢二 矢田耕司 岸野幸正 山口健 鄉(xiāng)里大輔 中田浩二 八奈見乘兒
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