「思い出して、翅（はね）があったころのことを」1萬2千年前の想いに応え、繋がったのは欠けたこころ。太陽と月と火星が出會(huì)うとき、新たな合體の調(diào)べが流れる──！湘南の海に浮かぶ小島、江の島。美しくのどかなその浜辺に、〈私立江ノ島學(xué)園〉はある。學(xué)園には、全國から優(yōu)秀な子どもが集められ、最新の機(jī)器を使った英才教育が施されていた。特殊強(qiáng)化クラスの生徒〈エレメント〉に選ばれたサッコ、リミヤ、トシは、感情の力で動(dòng)く戦闘機(jī)〈ベクターマシン〉の操縦を命じられ、謎の侵略兵器〈神話獣〉との戦いを余儀なくされる。戦いのさなか、不可思議なヴィジョンに導(dǎo)かれ、サッコは叫ぶ──。「想星合體！GO、アクエリオン！」繰り返される輪廻の果てに、現(xiàn)れた機(jī)械天翅アクエリオン。宿命を背負(fù)った少年少女は、得體のしれない団體〈宇宙たまごの會(huì)〉や大人たちの思惑が交錯(cuò)する中、この宇宙の真実と向き合っていくことになる……。これは、おのれの感情と宇宙の存亡を賭けて紡がれる、壯大な愛の神話。