正享受短暫假期的公安九課少校草薙素子（坂本真綾 配音）突然接到巴特（松田健一郎 配音）的報告，西之內某處大廈遭受恐怖分子襲擊，政府高官和商業(yè)巨擎被人殺害。在草薙的指揮下，九課的石川、波瑪、帕茲、巴特等人通力合作，將恐怖分子徹底制服，但草薙在行動中意外受到神秘病毒感染。在西之內恐怖襲擊的同時，遠郊的水壩發(fā)生爆炸案。新濱縣刑警陀古薩（新垣樽助 配音）傳喚水壩管理企業(yè)負責人沙特博士，對方是來自飽經(jīng)戰(zhàn)火的卡森共和國的卡爾迪斯人。受警方高層施壓，陀古薩沒有得到任何有用信息。另一方面，草薙一方得知恐怖分子的真實身份，正是卡爾迪斯的游擊隊組織。兩起案件意外聯(lián)系在一起，其背后隱藏怎樣的真相？
本片根據(jù)士郎正宗的原作改編，為攻殼機動隊前傳“ARISE”的第三部。
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